Il film è tratto da un best seller di Ransom Riggs inizialmente intitolato “La casa per bambini speciali di Miss Peregrine”. Il libro ha cambiato titolo dopo l'uscita del film, per intitolarsi “Miss Peregrine – La casa dei ragazzi speciali”.
Il personaggio di Mr. Barron (Samuel L. Jackson) non è tratto dalle pagine del libro, ma è stato creato direttamente dalla fantasia di Tim Burton.
Le location in Florida, in particolare quella di Tampa Bay, sono le stesse utilizzate da Tim Burton per la realizzazione di alcuni suoi film, tra cui “Edward mani di forbice” (1990). Quest'ultimo film è richiamato anche dalla presenza di una siepe a forma di dinosauro nel giardino di Miss Peregrine.
Nuova musa femminile di Burton, Eva Green aveva già recitato diretta da lui in “Dark Shadows” (2012)
Tim Burton, che per la realizzazione di questo film ha scelto di non avvalersi di molti effetti speciali, ha dichiarato di sentirsi molto vicino ai ragazzi protagonisti della vicenda. Da piccolo, infatti, si sentiva diverso da tutti gli altri, pur non avendo, ovviamente, poteri magici.
