Nella nona stagione, molti dottori sono alle prese con le conseguenze di un devastante disastro aereo, in cui ci sono feriti e molti morti. Cristina (Sandra Oh) decide di accettare una borsa di studio in Minnesota come modo per andare avanti, e lei, Meredith (Ellen Pompeo), Derek (Patrick Dempsey) e Arizona (Jessica Capshaw) portano avanti un enorme causa legale concernente il disastro aereo. Nel mentre, Meredith è felice perché scopre di essere incinta ancora; e Bailey (Chandra Wilson) ha paura sulla strada per il suo matrimonio con Ben (Jason George).