La quarta stagione riprende a raccontare le vicende dei sopravvissuti qualche mese dopo la decisione di Rick & co. di portare i cittadini di Woodboory, una volta comandati dal Governatore, nella prigione, luogo fortificato in cui poter sopravvivere.
All'interno della prigione si diffonde l'influenza che, vista la mancanza di medicine per poterla curare, costringe il gruppo a mettere in isolamento i contagiati. Mentre alcuni sopravvissuti escono a cercare delle cure, Carol decide di eliminare, letteralmente, il problema alla radice, uccidendo i primi contagiati. Purtroppo questo non ferma l'espandersi dell'epidemia e, inoltre, quando Rick scopre l'accaduto, decide di allontanare Carol dalla fortezza.
Nel mentre, il Governatore, rimasto solo e abbandonato da tutti i suoi fedeli soldati, incontra Tara e Lily Chamblers e si unisce al loro gruppo, fingendo e creando una nuova personalità, entrando così nelle loro grazie. Spacciandosi per un uomo tradito e ferito da alcuni pazzi che vivono sicuri all'interno di una prigione, convince le sorelle e alcuni membri del gruppo a seguirlo e attaccare il gruppo di Rick.
Arrivato alla prigione, il Governatore trova Michonne e Hershel al di fuori della recinzione, e li cattura con l'intenzione di usarli come merce di scambio. La situazione degenera e Hershel perde la testa per mano del Governatore stesso. Nella battaglia che segue, egli perde la vita per mano di Michonne, la prigione viene distrutta e Tara, unica sorella rimasta in vita e shockata dalla violenza inaudita mostrata dal Governatore, decide di scappare, così come il gruppo di Rick che, nella foga della fuga, si divide.
Inizia così una lunga marcia verso una nuova terra promessa annunciata da diversi cartelli: Terminus. Durante il percorso i diversi gruppetti si riuniscono e incontrano nuovi compagni di viaggio: Abraham, Rosita e Eugene, diretti a Washington dove, Eugene, assicura esserci una cura per l'apocalisse che stanno vivendo.
Nel mentre Beth viene rapita da una misteriosa macchina.
Durante il viaggio, Tyreese, che si trova in compagnia di Lizzie e Mike, due giovani bambine rimaste orfane nella battaglia della prigione, e Judith, incontra Carol, che decide di accompagnarlo e raggiungere Rick per riunirsi al gruppo. I due si accorgono che la sorella maggiore, Lizzie, sviluppa un'insana passione per gli zombie, non comprendendone la minaccia. Anzi, la bambina ci gioca e crede di poterli, in un qualche modo, salvare. Ad un certo punto, la bambina, uccide la sorella, conscia del fatto che sarebbe dopo poco tornata come errante, senza così più soffrire. Tyreese e Carol capiscono che la bambina è pericolosa e fuori controllo e, dopo molta incertezza, decidono di ucciderla, riprendendo così il loro cammino in direzione Terminus.
Rick e gli altri gruppi, intanto, raggiungono la località misteriosa per scoprire che in realtà non è quello che sembra: la città infatti è composta da uomini diventati cannibali che, attirando viaggiatori senza speranza e in cerca di un posto migliore, si procurano carne fresca. In men che non si dica, tutti i protagonisti, ad eccezione di Tyreese e Carol, vengono catturati e rinchiusi in un vagone treno, in attesa di essere giustiziati.
